Dependiendo del uso que se le quiera dar, existe una gran variedad de microscopios para aplicaciones de laboratorio. Sus diferencias principales radican en su iluminación, sistema de obtención de imágenes, características y configuración.

Es así como podemos encontrar los siguientes tipos de microscopio en el laboratorio:

Microscopio de luz reflejada: En estos equipos, la luz ilumina la muestra y parte de ella es reflejada y dirigida al objetivo. Es por esto que se debe iluminar la muestra desde la parte superior de la platina. Estos microscopios se utilizan para estudiar materiales opacos como estructuras metálicas, cerámicos, etc.

Microscopios multi-oculares: Según su número de oculares, estos equipos pueden ser monoculares, binoculares o trinoculares. Siendo el monocular el más sencillo e ideal para quienes recién están comenzando en el campo de la investigación. El segundo entregando una mayor comodidad al permitir observar la muestra con ambos ojos y el tercero, el cual debe su nombre a que posee un tercer ocular con el cual se puede conectar una cámara.

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Microscopio estereoscópico: Estos equipos permiten observar la muestra en tres dimensiones, esto gracias a que posee dos oculares que entregan una imagen ligeramente distinta a cada ojo, consiguiendo así el efecto 3D. Éstos son utilizados en aplicaciones en las que la muestra se debe manipular mientras se observa.

Microscopio de polarización: También llamado petrográfico, este microscopio tiene añadidos dos polarizadores, gracias a los cuales la onda de la luz utilizada tiene una dirección de oscilación concreta. Estos equipos se utilizan para observar estructuras cristalinas de rocas y minerales.

Microscopio de fluorescencia: Este tipo de equipos utiliza la fluorescencia para generar una imagen de la muestra. Es así como con este microscopio se puede analizar muestras que emiten luz propia al ser iluminados con una lámpara xenón o con una lámpara de vapor de mercurio.

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