Para la gran mayoría de los ensayos de química analítica, la digestión por microondas es un procedimiento estándar para la preparación de las muestras. Para ello, la muestra es calentada en vasos transparentes y cerrados junto a los ácidos necesarios para el ensayo. La temperatura usual para este proceso varía entre los 220-240ºC dependiendo de la muestra que se requiera someter al calor. Se establece este rango de temperatura ya que es el que genera la degradación parcial o completa de la muestra.
Para la digestión por microondas se requiere también de reactivos, siendo los más utilizados el Ácido nítrico, ácido clorhídrico y peróxido de hidrógeno, siendo unos más útiles que otros dependiendo de la muestra a la que se añadirán. Luego de la digestión, se obtendrá una disolución acuosa ácida de la muestra, la cual podrá ser posteriormente analizada con técnicas espectroscópicas.
Una de las principales ventajas de la digestión por microondas por sobre la digestión a vaso abierto convencional, es que con la primera es posible controlar de manera más precisa parámetros del proceso como la presión, temperatura y tiempo de digestión, los cuales son más reducidos por microondas ya que se calienta y enfría a altas velocidades.
En el laboratorio, la digestión por microondas es muy utilizada para mineralizar muestras sólidas de las cuales se requiera obtener un análisis de sus propiedades a nivel elemental con un espectrómetro, lo que requiere siempre de una muestra en estado líquido. Las industrias donde es más utilizado es en la agricultura, medioambiente, plásticos, petroquímicas, geoquímicas, metales y cerámicas entre otros.
Los equipos de digestión de microondas pueden realizar el proceso completo en múltiples muestras simultáneamente y en menos de dos horas. Éstos pueden también digerir muestras de variadas naturalezas y con mezclas ácidas diferentes en un mismo ciclo.
Al estar equipados con una cámara de reacción única, se puede tener un control absoluto de las condiciones en las que se está generando la digestión, estando todas las muestras en un espacio común. También, la cantidad de muestra y ácido que se requieren son menores, ahorrando así tiempo y recursos al laboratorio, al trabajar con volúmenes más pequeños.