Un Gabinete de Bioseguridad Clase II utiliza un filtro HEPA con flujo de aire laminar para proveer de seguridad al operario y la muestra. Para propósitos de esterilización, los filtros HEPA generalmente tienen un 99.99+% de eficiencia para partículas de hasta 0.3 micrones de tamaño.
Un procedimiento microbiológico típico utiliza un mechero Bunsen u otro tipo de llama abierta para esterilizar o reducir la contaminación cruzada, sin embargo, el uso de este tipo de llamas al interior del Gabinete de Bioseguridad no se recomienda por una serie de motivos:
1- El Gabinete de Bioseguridad Clase II mantiene la protección de la muestra al entregar flujo de aire laminar hacia abajo, donde los volúmenes de aire viajan en una sola dirección a una velocidad constante, sin turbulencia, por sobre el área de trabajo del Gabinete. El aire caliente sube, por lo que las llamas abiertas hacen que el aire suba en contra del flujo laminar, creando turbulencia y arruinando la habilidad del Gabinete de proteger las muestras y el área de trabajo.
2- Si una llama abierta se calienta demasiado, también tiene la capacidad de derretir el agente de unión que sostiene el filtro HEPA en su soporte. Esto destruye la efectividad de este filtro, perdiendo la contención en el pleno presurizado positivamente.
3- Si la llama se apaga y la válvula de gas permanece abierta, el gas inflamable será introducido al Gabinete sin límites. En un Gabinete A2, donde el 70% del aire en su interior es recirculado, la concentración de gas inflamable puede alcanzar un potencial explosivo y ser un importante riesgo no sólo para el Gabinete de Bioseguridad, sino también para el usuario y todo el laboratorio.
4- Diversos entes regulatorios internacionales, han publicado comunicados y documentación en las que se indica que si la llama abierta dentro del Gabinete de Bioseguridad es absolutamente necesaria, existen diversos equipamientos y alternativas más seguras al mechero Bunsen. Algunos de estos instrumentos utilizan llamas de bajo perfil y con atenuación por pedal e incluso con detector de movimiento.