Los laboratorios frecuentemente manejan una serie de químicos peligrosos, y mientras que el trabajo con ellos es la parte más sencilla, eliminarlos a menudo puede provocar grandes problemas logísticos. Una serie de entes regulatorios entregan guías sobre cómo desechar estos químicos de manera segura. Aún así, cada laboratorio tiene requerimientos diferentes y utiliza distintas mezclas de químicos tóxicos, por lo que se necesitan medidas adicionales de seguridad, no solo para los operarios, sino también para el medioambiente.
El primer paso es llevar un registro completo de los químicos, donde esté indicada la información de seguridad del químico tóxico, su fecha de expiración y recordatorios para cuando debe ser eliminado.
Luego, los químicos deben ser desechados de manera segura en un contenedor adecuado para ello. Estos jamás deben ser eliminados en lavamos o desagües. En algunos casos, eliminar los químicos en el desagüe es permitido, pero sólo si las concentraciones están por debajo de los niveles permitidos. Sin embargo, diluirlos deliberadamente para lograr estas concentraciones permitidas, es ilegal en la mayoría de los países.
Una vez que los contenedores se han vaciado de sus respectivos químicos tóxicos, limpiarlos también es una tarea delicada. Muchos químicos generan vapores tóxicos, que al inhalarlos, pueden producir daño, incluso en pequeñas cantidades. Los entes reguladores también poseen instructivos para la limpieza de estos contenedores.
Si el contenedor tenía un químico clasificado como extremadamente peligroso, este se debe entregar a una empresa certificada para su retiro. En este caso, nunca debe ser lavado o enjuagado. En el caso de otros tipos de químicos, los contenedores se deben enjuagar tres veces con agua o un solvente de limpieza, para luego dejarlo secar al aire, antes de desecharlo.
Finalmente, el personal debe capacitarse en la forma correcta de eliminar los químicos tóxicos. A pesar de que esto puede parecer obvio, el entrenamiento en el laboratorio generalmente se enfoca más en cómo llevar a cabo los métodos experimentales. Los entes reguladores de cada país generalmente ofrecen capacitaciones y material educativo para los operarios del laboratorio, sesiones que pueden incorporarse al flujo de trabajo diario para el personal nuevo.