Elegir un método de análisis genético para el laboratorio de investigación

Los avances tecnológicos en los métodos de análisis genético han aumentado enormemente las opciones de análisis citogenético en los últimos años, ampliando los límites de lo que es práctico y posible en entornos de investigación clínica. Estos avances han hecho que numerosos tipos de anomalías genéticas sean cada vez más fáciles de reconocer.

Con esta proliferación de métodos surge un nuevo desafío para los investigadores: Seleccionar el método más óptimo para su laboratorio de investigación. Elegir entre las muchas opciones disponibles actualmente no es tarea fácil. Este resumen proporciona los conceptos básicos de las opciones más comunes.

Los métodos actuales de análisis cromosómico se dividen en dos grandes categorías: Micromatrices cromosómicas y secuenciación de próxima generación.

Micromatrices cromosómicas

El análisis de micromatrices cromosómicas (CMA) se usa ampliamente para estudiar aberraciones cromosómicas específicas. Este método de análisis genético generalmente consiste en una matriz sólida que contiene un conjunto definido de fragmentos de ácido nucleico que sirven como sondas para sus complementos de ADN. Se permite que el ADN de una muestra, típicamente marcado con etiquetas fluorescentes, hibride o no, con las sondas y el exceso se elimina por lavado.

La fluorescencia que persiste después de este lavado muestra qué secuencias de sonda en el microarreglo están presentes en la muestra y en qué cantidades relativas. CMA es especialmente adecuado para detectar variaciones en el número de copias (CNV), que son variaciones en el número de copias de una región genómica de interés, pero también puede detectar variaciones de un solo nucleótido (SNV), que son de un solo par de bases. 

Secuenciación de última generación

Cuando se necesita más información, la secuenciación de próxima generación (NGS) puede combinarse con CMA o usarse por separado. Independientemente de los detalles, la secuenciación de próxima generación funciona en términos generales de la misma manera.

Primero, un genoma se fragmenta en una biblioteca de piezas y se amplifica.

Luego, esas piezas se secuencian y se vuelven a ensamblar digitalmente mediante un software. La secuenciación con fragmentos en lugar del genoma completo e intacto permite que la parte del laboratorio húmedo de un evento de secuenciación se realice masivamente en paralelo, lo que hace que NGS sea mucho más rápido que algunos métodos. Al comparar los resultados de NGS con un genoma de referencia, las aberraciones de interés se pueden marcar en masa, ya sean eliminaciones, inserciones, duplicaciones o cualquier otra cosa.

Recomendaciones para elegir un método de análisis genético

Las sociedades profesionales mantienen su propio consejo con respecto a los métodos de análisis genómico. La mayoría de las sociedades, incluido el Colegio Americano de Genética (ACMG) y el Colegio Americano de Obstetras y Ginecólogos (ACOG), recomiendan CMA para estudiar trastornos genéticos o revelar que una situación es lo suficientemente compleja como para justificar NGS.